En cyklotron er en type partikelaccelerator som bliver brugt til at accelerere ladede partikler, bl.a. for at kunne isolere et grundstof i forskellige isotoper. Cyklotroner har været brugt ved opdagelsen og renfremstillingen af flere transuraner. Den blev opfundet i 1929 af Ernest Lawrence på Berkeley-universitetet i California, USA. Lawrence modtog Nobelprisen i fysik i 1939 for opfindelsen og de udførte eksperimenter.
Cyklotroner har traditionelt været brugt til at producere energirige partikelstrømme til brug i kernefysikken.
Cyklotroner bruges i dag også til at fremstille radioaktive isotoper, der bruges på sygehusene til positronemissionstomografi, også kendt som PET-skanning.
Verdens største cyklotron er den 17,1 meter store multimagnet-accelerator TRIUMF på University of British Columbia i Vancouver i Canada, der kan producere 500 MeV protoner.