Fermentacija (lat. fermentum) pojam koji u hemiji i biologiji označava pretvaranje određenih organskih spojeva putem djelovanja enzima. U biotehnologiji fermentacija se koristi u kontroliranim uslovima. To se postiže bilo dodavanjem neophodnih enzima ili dodavanjem bakterija, gljivica i drugih bioloških ćelijskih kultura, čijim djelovanjem dolazi do fermentacije u okvirima njihove enzimski potaknute razmjene materija (metabolizma). Jednim dijelom, ovi mikroorganizmi su prirodno potaknuti na djelovanje, što se naziva spontana fermentacija. U industriji koriste se za tu svrhu vještački uzgojene čiste kulture mikroorganizama, da bi se lakše kontrolirao proces fermentacije i da bi se izbjegli neželjeni sporedni proizvodi.