La limnologia és la branca de l'ecologia que estudia els ecosistemes aquàtics continentals (llacs, llacunes, rius, basses, maresmes i estuaris), les interaccions entre els organismes aquàtics i el seu ambient, que determinen la seva distribució i abundància en aquests ecosistemes.
La limnologia no va ser considerada com a ciència fins a la publicació de L'origen de les espècies, de Charles Darwin, a mitjans del segle xix.