Morfogeneza (grč. μορφή –morphê = oblik + γένεσις – genesis = razvoj, odnosno generiranje oblika) je biološki proces koji uzrokuje da ćelija, tkivo ili organizam razvijaju svoj oblik. To je jedan od tri temeljna aspekta razvojne biologije, zajedno sa kontrolom rasta tkiva i stvaranjem obrasca ćelijske diferencijacije.
Proces kontrolira organiziranu prostornu distribuciju ćelija tokom embrionskog razvoja organizma. Morfogeneza se može odvijati i u zrelom organizmu, poput normalnog održavanja homeostaze tkiva pomoću matičnih ćelija ili u regeneraciji tkiva nakon oštećenja. Kancer je primjer izrazito abnormalne i patološke morfogeneze tkiva. Pojam morfogeneza također opisuje razvoj jednoćelijskih oblika života koji nemaju embrionsku fazu u svom životnom ciklusu. Morfogeneza je bitna za evoluciju novih oblika.
Morfogeneza je mehanički proces koji uključuje sile koje stvaraju mehanički stres, naprezanje i kretanje ćelija,[1] a mogu se inducirati genetičkim programima prema prostornom uzorku ćelija u tkivima.