PubChem je databáze chemických sloučenin. Systém spravuje Národní centrum pro biotechnologické informace (National Center for Biotechnology Information, NCBI), součást Národní lékařské knihovny, která spadá pod Národní ústavy zdraví (NIH) USA. K databázi PubChem lze přistupovat zdarma přes webové rozhraní. Miliony souborů se strukturami molekul a s popisnými daty lze též zdarma stáhnout z FTP serveru. PubChem obsahuje popisy látek s malými molekulami – s méně než 1000 atomy a 1000 vazbami. Americká chemická společnost se pokusila dosáhnout toho, aby Kongres fungování databáze PubChem omezil, protože údajně konkuruje jejich službě Chemical Abstracts Service (CAS).[1] Do rostoucí databáze PubChem přispívá více než 80 účastníků.[2]