Massaspektrometrie is 'n instrumentele tegniek wat die verhouding tussen die massa m en die lading Q van 'n ioon meet.
Aanvanklik is hierdie verhouding gemeet deur 'n stroom versnelde katione deur 'n magneetveld te stuur. Hierdie elektriese stroom word deur die magneetveld afgebuig, maar ligter deeltjies word meer afgebuig as swaarder deeltjies. Hulle word daardeur volgens hulle Q/m verhouding geskei en kan afsonderlik gemeet word. Latere weergawes van die tegniek gebruik ander meganismes soos kwadrupole, maar die beginsels bly dieselfde.
Hierdie tegniek kan ione skei wat net een nukleon vanmekaar verskil. Hierdeur kan die isotoop-verhoudings van 'n monster bepaal word.
Massaspektrometrie kan egter ook op brokstukke van groot organiese molekule uitgevoer word en gee baie inligting oor die struktuur daarvan.