Autohtone − u biogeografiji − su one vrste koje se definiraju kao domoroci datog regiona i/ili ekosistema, ako je njihovo prisustvo u tom sistemu rezultat isključivo prirodnih procesa, bez ljudske intervencije. Termin je ekvivalent za "nativan", u manje naučnom kontekstu. Svaka prirodna vrsta organizama (za razliku od pripitomljenih) ima svoj prirodni opseg distribucije u kojem se smatra autohtonom. Izvan ovog nativnog areala, takva vrsta se može unijeti i ljudskom aktivnošćiu. U onim područjima gdje je dospjela antropogeno, poznata je kao uvedena vrsta.
Na primjer, Pančićeva omorika (Picea omorika) je autohtona endemska vrsta u veoma ograničenom području Podrinja Istočne Bosne i Zapadne Srbije, a antropogeno je raširena u hortikulturi širom Evrope.[1][2][3][4]
Autohtona vrsta nije nužno endemska . U biologiji i ekologiji, endemska znači isključivo nativna u životnim zajednicama određenog područja. Autohtona vrsta se može pojaviti i u područjima osim onog na kojem se proučava. U novonaseljenom području ona se označava kao uvedena, alohtona ili introducirana vrsta.
Izrazi "endemski" i "autohtoni" također ne znače da su takvi organizmi nužno nastali ili evoluirali u arealu gdaje su nađeni.