Pod pojmom genocid u Bosni i Hercegovini se uglavnom misli: bilo na genocid u Srebrenici kojeg su izvršile snage Vojske Republike Srpske u Srebrenici jula 1995, sa ciljem (dolus specialis) uništenja svih Bošnjaka u tom području,[1] ili na genocid u širem kontekstu označavajući zločin protiv čovječnosti i ratne zločine tokom rata u Bosni i Hercegovini od 1992. do 1995. godine.[2] Tim pojmom se opisuje kampanja etničkog čišćenja i ubijanja koju su izveli pripadnici srpske vojske te, u dosta manjoj mjeri, pojedini hrvatski ekstremisti na područjima pod svojom kontrolom: tzv. Republikom Srpskom i Herceg-Bosnom.[3] Sva ubijanja tokom kampanje genocida su bila uglavnom iz političkih, rasnih i vjerskih razloga u kontekstu sistematskog napada na bošnjačko stanovništvo. Ovaj pojam se uglavnom upotrebljava u akademskim raspravama[4][5][6][7][8] te u institucijama koje štite ljudska prava.[9][10][11]
Od 97.207 dokazanih i dokumentovanih žrtava, 83% su bili Bošnjaci. Ovaj broj bi bio još mnogo veći da preživjeli iz Srebrenice nisu prijavili svoje poginule kao pripadnike vojske, da bi u postratnom periodu mogli dobiti minimalnu socijalnu nadoknadu u vidu pomoći porodicama šehida i poginulih boraca. Ukupna cifra bi također mogla narasti za oko 10.000, zbog tekućih istraživanja koje provode entitetske Komisije za traženje nestalih.[12][13][13][14]
Dana 26. februara2007, Međunarodni sud pravde (ICJ), u slučaju Bosanskog genocida, u skladu i na osnovu ranije dobivenih dokaza od ICTY-ja donio je isti zaključak i proglasio tragediju u Srebrenici genocidom.[16] Iako su ponuđeni brojni dokazi o masovnim ubistvima, o opsadi Sarajeva, brojnim silovanjima, etničkom čišćenju i mučenjima izvršenim od raznih srpskih vojnih i paravojnih snaga, kao i bivše JNA i vojske Srbije, u svim dijelovima BiH, a naročito u Prijedoru, Banjoj Luci i Foči, kao i koncentracionim logorima; sud je presudio da su kriteriji genocida sa specifičnim ciljevima (dolus specialis) uništenja Bošnjaka ispunjeni samo u Srebrenici i istočnoj Bosni.[16][17]
Sud je zaključio da su zločini, uključujući masovna ubistva, silovanja, protjerivanja, uništavanja i deportaciju, počinjeni tokom rata, bili akt genocida u skladu sa Konvencijom o genocidu, ali ti zločini nisu sami po sebi (per se) genocid.[18]