Homologija sekvence je biološka homologija između sekvenci DNK, RNK ili sekvence proteina, definirano u smislu zajedničkog pretka u evolucijskoj historiji života. Dva segmenta DNK mogu dijeliti pretke zbog tri pojave: specijacija događanje (ortologa), ili događaj dupliranja (paralozi), ili pak pojava horizontalni (ili bočni) prenos gena (ksenolozi).[1]
O homologiji DNK, RNK ili proteina obično se zaključuje na osnovu sličnosti sekvence nukleotida ili aminokiselina. Značajna sličnost snažan je dokaz da su dvije sekvence povezane evolucijskim promjenama iz zajedničke sekvence predaka. Kako bi se naznačilo koja su područja svake sekvence homologna koristi se poravnanja više sekvenci.