Proteinski domen je dio proteinske sekvence i strukture koji može evoluirati, funkcionirati i postoji nezavisno od ostatka proteinskog lanca. Svaki domen formira kompaktnu trodimenzijsku strukturu i često može biti samostalno stabilan i savijen. Mnogi proteini sadrže nekoliko strukturnih domena. Jedan domen se može javiti u nizu različitih proteina.
Molekulska evolucija koristi domene kao strukturne komponente koje se mogu kombinirati u različitim aranžmanima da bi se formirali proteine sa različitim funkcijama. Domeni variraju u dužini od oko 25 do 500 aminokiselina. Najkraći domeni kao što su cinkovi prsti stabilizirani su metalnim ionima ili disulfidnim mostovima. Domeni često formiraju funkcionalne jedinice, kao što je kalcij-vezujući domen EF-šaka kalmodulina. Budući da su samostalno stabilni, domeni se mogu zamijeniti putem genetičkog inženjerstva između proteina, čime se formiraju himerni proteini.