Auxerre fou una jurisdicció feudal del regne de França a l'edat mitjana. El primer comte fou Ermenald, un company de Carlemany. Després d'alguns comtes nomenats pel rei va passar a Conrad que fou duc de Borgonya al qui el rei va confiscar el comtat i el va donar a Robert el fort duc de Nèustria del que va passar al germà Hug l'abat. Al repartiment d'honors del 886 el comtat va ser confiat a Ricard el Justicier, comte d'Autun i després duc de Borgonya, i esdevingué hereditari. El 1002 va morir el comte Enric I de Borgonya i com que no deixava cap fill mascle, va adoptar a Otó Guillem de Borgonya, fill de la seva primera dona. El seu gendre Landry de Nevers, va reclamar el comtat en nom de la seva dona Matilde, filla d'Otó Guillem, i el va ocupar després d'una lluita d'alguns anys. Des de llavors els comtats d'Auxerre i Nevers van quedar units. Va passar després als casals de Courtenay i Chalon, i el 1370 va ser venut a França i va passar a la nissaga de Borgonya el 1435 per un tractat de pau, fins al 1477 quan fou annexionada a França. Del 1543 al 1561 el comtat fou donat a la casa de Clèveris però va tornar a la corona.