Ernst Haeckel va posar nom a milers de noves espècies; va fer un arbre evolutiu que relacionava totes les formes de vida llavors conegudes i va encunyar diversos termes de la biologia, incloent-hi fílum, filogènia, ecologia i el regne Protista. Va promoure les obres d'en Charles Darwin a Alemanya i va desenvolupar la controvertida teoria de la recapitulació, que indica que els canvis d'un organisme en l'ontogènesi són un resum del desenvolupament evolutiu de l'organisme: "l'ontogènesi recapitula la filogènia".
L'obra publicada de Haeckel inclou més de 100 il·lustracions detallades pluricromàtiques d'animals i criatures marines (vegeu: Kunstformen der Natur, Formes artístiques de la natura). Com a filòsof, va escriure Die Welträthsel (1895-1899, El misteri de l'univers), i creà el terme Welträthsel; i Llibertat en la ciència i l'ensenyament[3] per donar suport a l'ensenyament de l'evolució.
La casa de l'Ernst Haeckel ("vil·la Medusa") a Jena (Alemanya) conté una biblioteca històrica.
↑Asimov, Isaac. «Haeckel, Ernst Heinrich». A: Enciclopedia biográfica de ciencia y tecnología : la vida y la obra de 1197 grandes científicos desde la antigüedad hasta nuestros dias (en castellà). Nueva edición revisada. Madrid: Ediciones de la Revista de Occidente, 1973, p. 296. ISBN 8429270043.
↑"Ernst Haeckel - Britannica Concise" (biography), Encyclopædia Britannica Concise, 2006, Concise. Pàgina web Britannica.com: CBritannica-HaeckelArxivat 2006-11-11 a Wayback Machine.