Un vaixell de guerra és un vaixell concebut i construït per un ús militar. Els vaixells de guerra normalment són construïts de manera totalment diferent dels vaixells mercants, tenen sistemes d'armes, estan preparats per rebre danys i normalment són més ràpids i maniobrables que aquests. A diferència de les naus mercants, les de guerra només porten sistemes d'armes, munició i abastament per a la tripulació. Els vaixells de guerra normalment pertanyen a l'armada d'un país, encara que hi ha hagut vegades, en el passat, que van ser operats per persones individuals o companyies particulars.
En temps de guerra la diferència entre vaixell de guerra i mercant sovint és confusa. En guerra, moltes vegades, els vaixells mercants han estat artillats i emprats com vaixells auxiliars, com va passar amb els vaixells-Q a la Primera Guerra Mundial i amb els mercants armats a la Segona Guerra Mundial. Fins al segle xvii era comú que naus mercants fossin obligades a entrar al servei naval i no era estrany que fins a la meitat de les naus d'una flota fossin naus mercants artillades. Fins que el perill de la pirateria va acabar al segle xix, era comú artillar grans naus mercants com eren els galions.