Apomixie (též apomixe, apogamie, apomixis) je způsob nepohlavního rozmnožování rostlin, při němž jsou sice vyvinuty pohlavní orgány (jako je květ, v něm pestíky, atp.), ale ve skutečnosti k oplození vůbec nedochází a vzniklá semena jsou geneticky identická s „matkou“. Apomixie se vyskytuje nejen u některých kapraďorostů s nezávislým gametofytem (př. prokel), ale i u mnoha semenných rostlin.
Známe dva základní typy apomixie. Při tzv. gametofytové apomixii vzniká semeno z vajíčka, které ani nevzniklo meiózou a je tudíž diploidní. Při druhém typu (tzv. adventitious embryony) vzniká semeno z buněk živného pletiva vajíčka (nucellus), z buněk vaječného obalu (integument) či z jiných buněk s původně podpůrnou funkcí.
Výjimkou je vývin semena ze samčích pohlavních orgánů, jmenovitě z pylu. Tento typ nepohlavního rozmnožování byl nedávno objeven u cypřiše Cupressus dupreziana.[1]
U živočichů se podobný působ nepohlavního rozmnožování nazývá partenogeneze.