Autonomie (z řeckého autonomos, řídící se vlastními zákony, a autonomia, politická nezávislost[1]) je stav určitého společenství nebo jednotlivce, pokud se řídí pravidly a zákony, které si sám dává nebo dobrovolně přijímá. Tento princip se projevuje v mnoha různých oblastech, například v politice (politická autonomie) nebo v právu (autonomie vůle jako důležitý princip soukromého práva, který předpokládá, že každý může svobodně vstupovat do vztahů s jinými a sjednávat si práva a povinnosti, pokud tím neporušuje zákon).
Protikladem autonomie je heteronomie, poslušnost cizím, případně i vnuceným pravidlům a zákonům.