Polypeptidy (latinsky poly - česky mnohý, hojný, četný) jsou peptidy s molekulou složenou z 11 až 99 aminokyselin, které jsou navzájem propojeny peptidovými vazbami.
Peptidy, které mají v molekule méně než 11 aminokyselin se nazývají oligopeptidy. Peptidy, které mají 100 a více aminokyselin se nazývají bílkoviny (proteiny). V některé literatuře se termíny polypeptid a protein zaměňují.[1][2] Jindy se polypeptid definuje jako polymer aminokyselin o délce menší než 50 aminokyselin.[3] V každém případě patří polypeptidy mezi biopolymery.