UCI ProTour 2006 var den anden udgave af den internationale cykelforbunds (UCI) ProTour-system, der ProTour-holdene er garanteret, og forpligtet til, deltagelse i løbene som hører under ProTour-serien.
Optakten til ProTour 2006 var præget af uenighed mellem lederne af Grand Tour-løbene og UCI, hvor de tre store etappeløb oprindelig ikke skulle være en del af ProTour-serien i 2006.