Die Chemische Ionisation (CI) ist ein Ionisierungsverfahren, das in Massenspektrometern benutzt wird. Sie wird besonders zur Bestimmung der molaren Masse leicht fragmentierender Substanzen eingesetzt. Da die Probe vor der Ionisation in den gasförmigen Zustand überführt werden muss, kann die Methode also nur für im Hochvakuum unzersetzt verdampfbare Substanzen verwendet werden.
Bei der Chemischen Ionisation entstehen neue ionisierte Spezies dadurch, dass Moleküle in der Gasphase mit Ionen in Wechselwirkung treten, d. h., sie beruht auf Ion–Molekül-Reaktionen. Sie vollzieht sich durch Übertragung eines Elektrons, Protons oder anderer Ionen zwischen den Reaktanden. Diese Reaktanden sind der neutrale Analyt und Ionen aus einem Reaktandgas.[1]
Die Chemische Ionisation ähnelt der Elektronenstoßionisation (EI) sehr stark. In der Regel sind CI-Spektren jedoch deutlich weniger fragmentiert als entsprechende EI-Spektren. Da die auf das Probenmolekül übertragene Überschussenergie gering ist, wird die Fragmentierung unterdrückt. Man erzeugt daher hauptsächlich Quasi-Molekülionen.