Gesundheitsministerium nennt man das Ministerium (oder im allgemeinen Sprachgebrauch auch vergleichbare Dienststellen), das für die Agenden des Gesundheitssystems eines Staates und zum Teil zudem in subnationalen Entitäten zuständig ist. Der dafür zuständige Minister ist der Gesundheitsminister oder Staatssekretär für Gesundheit.
Wie bei allen Portefeuilles muss der Aufgabenbereich Gesundheit nicht unbedingt die Hauptaufgabe der Stelle sein, sodass sie im Namen keinen Hinweis darauf trägt.