Der Kernphasenwechsel ist der periodische Wechsel zwischen einer haploiden und einer diploiden Phase bei der geschlechtlichen Fortpflanzung von Eukaryoten. Dabei bedeutet „haploid“, dass der Zellkern nur einen Chromosomensatz enthält, während er in der diploiden Phase zwei homologe Sätze enthält. (Alternativ spricht man auch von einem einfachen und einem doppelten Chromosomensatz.)
Der Kernphasenwechsel ist das Grundprinzip der sexuellen Fortpflanzung, denn er ermöglicht die Rekombination des Genoms, ohne dass sich mit jeder neuen Generation die Chromosomensätze verdoppeln. Der Wechsel zwischen den beiden Kernphasen erfolgt zum einen bei der Meiose (oder Reduktionsteilung) und zum anderen bei der Befruchtung. Bei der Befruchtung verschmelzen zwei haploide Zellkerne zu einem diploiden Kern der Zygote (Karyogamie). Bei der Meiose wird der Ploidiegrad wieder reduziert, indem homologe Chromosomen auf verschiedene Tochterkerne verteilt werden.