Als Kirchenhistoriker werden Historiker des Fachbereiches Kirchengeschichte bezeichnet. Die meisten dieser Historiker sind von ihrer Ausbildung her Theologen.
Die Begründung der neuzeitlichen wissenschaftlichen Kirchengeschichtsschreibung erfolgte durch die ab 1559 erscheinenden Magdeburger Centurien, initiiert durch den Theologen Matthias Flacius. Hauptbearbeiter war Johannes Wigand.
Als Vater der modernen römisch-katholischen Kirchengeschichte gilt Kardinal Cesare Baronio, der im Auftrag des heiligen Philipp Neri bei den Oratoriumstreffen Referate hielt, aus denen später das Standardwerk der Annales wurde, die als Gegenentwurf zu den Zenturien angesehen werden können.
Keine Wissenschaftler im modernen Sinne sind die Verfasser der spätantiken und mittelalterlichen „Kirchengeschichten“, die oft ebenfalls als Kirchenhistoriker bezeichnet werden.