Als Kolonie bezeichnet man in der Zoologie und der Mikrobiologie eine Gruppe von Lebewesen, die in unmittelbarer Nähe zueinander leben und deren Siedlungsgebiet von anderen Siedlungsgebieten der gleichen Spezies räumlich getrennt ist. Zur Bildung von Kolonien (Kolonisation) kann es bei sehr verschiedenartigen Lebewesen kommen.