Der japanische Name Minamoto (jap. 源) war ein Ehrenname, den Tennō in der Heian-Zeit (794–1185) ihren Söhnen und Enkeln verliehen, nachdem diese aus dem Kaiserhaus ausschieden und Untertanen des Tennō wurden.
Um die kaiserliche Erbfolge zu vereinfachen und die Rivalitäten um den Thron in einem erträglichen Rahmen zu halten, wurden Prinzen, die als Thronfolger nicht in Frage kamen oder in der Erbfolge weit hinten standen, mit einem Nachnamen versehen und zu Untertanen des Tennō gemacht. Die Minamoto wie auch ihre Rivalen, die Taira, waren solche Abkömmlinge der kaiserlichen Dynastie.
Der Name Minamoto wurde erstmals vom Saga-tennō vergeben. 814 gab der Tennō seinen nicht erbberechtigten Söhnen den Titel (Kabane) Minamoto no Ason. Damit hörten sie und ihre Nachfahren auf, Mitglieder der Kaiserlichen Familie zu sein. Auch die Tennō Seiwa, Murakami, Uba und Daigo gaben ihren Söhnen den Namen Minamoto.
Diese Erblinien, die von verschiedenen Tennō ausgingen, entwickelten sich jeweils in eigene Clans, die oft als Genji (源氏) bezeichnet werden. Diese Linien werden nach dem Namen des Kaisers, gefolgt durch Genji gekennzeichnet, also Seiwa Genji, Murakami Genji, Uda Genji und Daigo Genji.
Die Minamoto wurden auch als Ganzes als Genji bezeichnet, dies ist nur eine andere Aussprache der Chinesischen Zeichen für Minamoto (gen) und Familie (uji oder ji).
Die Minamoto gehörten zusammen mit den Fujiwara, Taira und Tachibana zu den 4 großen Clans, die die japanische Politik in der Heian-Zeit beherrschten. Der bekannteste und mächtigste Zweig der Minamoto waren die Seiwa Genji.
Der Protagonist des klassischen japanischen Epos Genji Monogatari, Hikaru Genji, wurde aus politischen Gründen von seinem Vater, dem Tennō, mit dem Namen Minamoto ins Zivilleben und in eine Karriere als kaiserlicher Offizier entlassen.