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Japan nahm an den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro teil. Es war die insgesamt 22. Teilnahme an Olympischen Sommerspielen.
Das Japanische Olympische Komitee nominierte 338 Athleten in 30 Sportarten. Fahnenträger bei der Eröffnungsfeier war der Zehnkämpfer Keisuke Ushiro.