Die Pathogenese oder abgekürzt Genese (aus altgriechisch πάθος páthos, deutsch ‚Leiden(schaft), Sucht, Pathos‘ und γένεσις, génesis „Entstehung, Schöpfung, Geburt“), früher[1] auch Pathogenie, beschreibt die Entstehung und Entwicklung einer Krankheit mit allen daran beteiligten Faktoren aus Krankheitsursachen (Ätiologien). Zu diesen Faktoren zählt auch die Beobachtung des Krankheitsverlaufs, insbesondere in ursächlicher Hinsicht.
Pathomechanismus bezeichnet den mit naturwissenschaftlichen Methoden erfassbaren Ablauf eines Krankheitsprozesses. Der Begriff steht für die Kausalkette von Körpervorgängen, die insgesamt zu einer Krankheit führen. Pathomechanismen können sich u. a. auf Zellebene, Organebene oder auch zwischen Organsystemen abspielen. Die Ursachen einer Erkrankung werden speziell von der Ätiologie abgehandelt.[2]