Polykratie (von griechisch poly ‚viele‘ und kratéin ‚herrschen‘) bezeichnet das Nebeneinanderbestehen von konkurrierenden Herrschaftsinstitutionen mit gleichen oder ähnlichen Kompetenzen.
Der Begriff wurde von der Geschichtswissenschaft geprägt und charakterisiert nicht klar abzugrenzende, ineinandergreifende Machtstrukturen. Besonders ausgeprägte Polykratie war im Herrschaftssystem des Nationalsozialismus zu finden, in dem Instanzen der NSDAP miteinander und mit staatlichen Einrichtungen rivalisierten.