In der biologischen Nomenklatur wird der Ausdruck Synonym verwendet, wenn verschiedene wissenschaftliche Namen sich auf dasselbe Taxon beziehen. Der Gebrauch und die genauere Terminologie des Begriffs sind in Zoologie und Botanik unterschiedlich.
In der biologischen Nomenklatur gilt die Prioritätsregel, nach der von mehreren publizierten Namen für dasselbe Taxon im Regelfall der zuerst publizierte, d. h. der älteste Name verwendet werden soll. Hauptquelle von Synonymen ist es, wenn spätere Taxonomen dieselbe Gruppe, unter einem neuen Namen, nochmals beschreiben. Dies kann verschiedene Gründe haben: Die ursprüngliche Beschreibung war möglicherweise vage, sie war dem Neubearbeiter unbekannt (z. B. publiziert in einer sehr alten, einer wenig angesehenen und verbreiteten oder einer fremdsprachigen Fachzeitschrift), oder die bearbeitete Gruppe ist sehr lange nicht mehr Gegenstand einer taxonomischen Revision oder Monografie gewesen, wodurch die Fachliteratur schwer zu überblicken ist. Ein wichtiger Grund ist außerdem mangelnder globaler Überblick, so dass weit verbreitete Arten in verschiedenen Regionen mehrfach beschrieben werden (zum Beispiel Arten, die in Europa und in Nordamerika verbreitet sind). Auch unterschiedliche taxonomische Konzepte spielen eine Rolle (vgl. Lumper und Splitter). Wird ein Synonym in einer taxonomischen Arbeit bemerkt, wird der jüngere Name mit dem älteren synonymisiert. In Artverzeichnissen und Revisionen ist hinter jedem Artnamen in der Regel eine Liste von bereits bekannten Synonymen angefügt. Diese Namen sollen nicht mehr verwendet werden, sobald die Synonymie erkannt worden ist. Gelegentlich kommt es vor, dass ein älterer, als Synonym aufgefasster Name später doch wieder als gültig aufgefasst wird. Dies geschieht häufig dann, wenn bei einer Revision das, was bisher als eine Art galt, in mehrere Arten aufgespalten wird. Möglicherweise hat eine der dabei neu erkannten Arten bereits früher einen Namen erhalten. Dieser ist dann der gültige Name des neu erkannten Taxons, auch dann, wenn dem damaligen Erstbeschreiber dieser Unterschied tatsächlich unbekannt gewesen ist.
Nach einer Abschätzung im Jahr 2013 sind etwa 20 Prozent der (zu diesem Zeitpunkt) beschriebenen Artnamen bisher noch unentdeckte Synonyme.[1] Dieser Wert ist je nach taxonomischer Gruppe unterschiedlich. Selbstverständlich wird sich auch ein Teil der gegenwärtig neu beschriebenen Arten später als Synonyme erweisen.