Syntenie

Die Syntenie, seltener Syntänie, abgeleitet vom Griechischen σύν (syn – zusammen) und ταινία (tainíā – Band), ist ein Begriff aus der vergleichenden Genomik und Bioinformatik. Der Begriff wird heute meist für Genloci orthologer Gene verwendet, die bei verschiedenen biologischen Arten auf Chromosomen-Bereichen gemeinsamer evolutionärer Abstammung liegen.^[1][2][3] Syntenie verrät die Geschichte konstant erfolgreicher Gene. Enthalten Chromosomen verschiedener Arten dieselben orthologen Gene in derselben Anordnung, bedeutet dies, dass die Syntenie durch ihre Entwicklungsgeschichte beibehalten wurde. Solche konservierten Bereiche heißen Syntenie-Blöcke. Anstelle von konservierter Syntenie wird abkürzend oft nur von Syntenie gesprochen.

Ursprünglich wurde der Begriff anders definiert und für Gene verwendet, die bei Individuen derselben Art auf demselben Chromosom sitzen, ohne deswegen immer Genkopplung aufzuweisen.^[2] Dieser Sprachgebrauch wird in wissenschaftlichen Zeitschriften manchmal noch verwendet.^[4]

Syntenie-Studien setzen voraus, dass die in Frage stehenden Genome sequenziert und in Datenbanken zugänglich sind. Einen mächtigen Daten-Browser bietet die University of California Santa Cruz, USA.^[5][6]

1. ↑ Nils Stein: Synteny (Syntenic Genes). In: Stanley Maloy, Kelly Hughes (eds): Brenner's Encyclopedia of Genetics (2nd ed). Elsevier, Amsterdam, München 2013, S. 623–626. ISBN 978-0-08-096156-9
2. ↑ ^{a b} Eberhard Passarge, Bernhard Horsthemke, Rosann A. Farber: Incorrect use of the term synteny. In: Nature Genetics 23 (4), 1999: S. 387.
3. ↑ Robert C. King, William D. Stansfield, Pamela K. Mulligan: A dictionary of genetics. Oxford University Press, 7th edition, 2006 ISBN 978-0-19-530762-7. „Syntenic genes“ auf Seite 435.
4. ↑ Haibao Tang, John E Bowers, Xiyin Wang, Ray Ming, Maqsudul Alam, Andrew H Paterson: Synteny and collinearity in plant genomes. In: Science 320, 2008: 486–488. doi:10.1126/science.1153917
5. ↑ Genome Browser im Web.
6. ↑ Christopher M Lee, Galt P Barber, Jonathan Casper et al et Maximilian Haeussler, Robert M Kuhn, W James Kent: UCSC Genome Browser enters 20th year. In: Nucleic Acids Res 48, 2020: Database issue D756–D761. PDF.