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Eine Theorie ist im allgemeinen Sprachgebrauch eine durch weitgehend spekulatives Denken gewonnene Erkenntnis oder ein System von Lehrsätzen, aus denen sich eine Erkenntnis ableiten lässt. Beruht dies vorwiegend auf der eigenen (langjährigen) Erfahrung und manifestiert sich individuell (oft unbewusst und unkontrolliert), handelt es sich um eine Subjektive Theorie. In der Alltagssprache wird Theorie also oftmals für eine Vermutung über einen Sachverhalt benutzt, die erst noch zu beweisen wäre.
Im wissenschaftlichen Sprachgebrauch dagegen ist eine Theorie ein System (möglichst objektiver) wissenschaftlich begründeter Aussagen, das geeignet ist, Gesetzmäßigkeiten zu erklären und Prognosen über die Zukunft zu erstellen; berühmte Beispiele sind die Evolutionstheorie und die Relativitätstheorie. Viele Fachdisziplinen führen seit dem 19. Jahrhundert eigene Theoriedebatten, etwa beim Theoriengebäude der Physik. Die Frage nach dem Geltungsbereich und der Bestätigung oder Verifikation von Theorien wird in der Wissenschaftstheorie behandelt, auch im Hypothetischen Realismus.