Als Wissenschaftstheorie der Theologie wird ein Teilgebiet der Fundamentaltheologie bezeichnet, indem theologische Aussagen und Forschungen im Rahmen einer Selbstreflexion daraufhin geprüft werden, inwiefern sie wissenschaftlichen Standards genügen. Sie stellt daher zum einen eine Anwendung der allgemeinen Wissenschaftstheorie auf theologische Forschung dar, zum anderen umfasst sie Programme, die eine spezifische Wissenschafts- oder Erkenntnistheorie unter den Bedingungen bestimmter theologischer Vorannahmen erarbeiten.
Die Eigenständigkeit der Theologie als wissenschaftliche Disziplin wird gelegentlich bestritten, da viele Gebiete, die sie im Universitätsbetrieb behandelt, auch spezielle Gegenstände der Geschichtswissenschaft, Philologie, Philosophie, Anthropologie, Psychologie und Soziologie sind. Eine Wissenschaftstheorie der Theologie hat daher immer auch zu zeigen, was die Einheit der Theologie und eine Besonderheit im Zugang zu diesen Gegenständen ausmacht. Oft wird hier die Beziehung zu Gott als das eigentliche Spezifikum genannt. Eine zentrale Aufgabe der Wissenschaftstheorie der Theologie ist, zu zeigen, wie theologische Aussagen gewonnen und begründet werden können. Insofern Theologie faktisch meist innerhalb von Konfessionen betrieben wird, ist daher zudem intrinsisch zu begründen, ob und wie sich die Wahrheitsansprüche der unterschiedlichen Religionen und Konfessionen mit einer einheitlichen Methodik der Theologie vereinbaren lassen. Dem steht der Ansatz von Friedrich Schleiermacher gegenüber, nach dem Theologie überhaupt keinen eigenen Gegenstandsbereich hat: ihr Wissen werde lediglich durch einen gemeinsamen Zweck zusammengehalten, den Schleiermacher im „kirchenleitenden Handeln“ sieht.
Dieser Artikel stellt hingegen Ansätze dar, die den Sinn und die Möglichkeit einer eigenen Wissenschaftstheorie der Theologie verfechten, insbesondere den Ansatz von Wolfhart Pannenberg und Gerhard Sauter.