Als Zellkompartimente werden in der Biologie verschiedenartige Räume innerhalb einer Zelle bezeichnet. Auch innerhalb der Organellen sind einzelne Kompartimente strukturell voneinander geschieden. Im Gegensatz zu dem Begriff ‚Organell‘, der sich immer auf ein einzelnes Objekt bezieht (etwa ein Mitochondrium), wird der Begriff Kompartiment für die Summe aller gleichartigen zellulären Räume verwendet. Eine Zelle kann demnach viele Mitochondrien haben, aber nur ein mitochondriales Kompartiment. Auch das Cytoplasma ist ein Kompartiment, aber kein Organell.[1]
Weitere Kompartimente der Eukaryoten werden von den Komponenten des Endomembransystems (etwa der Innenraum des Endoplasmatischen Retikulums), dem Zellkern (Karyoplasma bzw. Kernmatrix), den Mitochondrien (Matrix), und – falls wie bei den Pflanzen und Grünalgen vorhanden – den Chloroplasten und anderen Plastiden (Stroma) sowie der Vakuolen und der Innenräume der Thylakoide gebildet. Eine spezielle Form ist zudem das Lytische Kompartiment.
Kompartimente sind meist durch Biomembranen voneinander abgegrenzt, aber auch Bereiche der Zelle, die nicht durch eine Biomembran abgetrennt sind, können Kompartimente darstellen, wie das heterochromatische und das euchromatische Kompartiment im Zellkern. Mit Hilfe der von Eberhard Schnepf vorgeschlagenen Kompartimentierungsregel können Kompartimente der plasmatischen- oder der nichtplasmatischen Phase zugeordnet werden.