Antigeen (ladina antigenes; lüh Ag) on selgroogse organismi tunginud võõraine (enamasti valk), mis seotakse spetsiifiliselt antikehaga või T-rakkude retseptoriga. Antigeenidena võivad toimida praktiliselt kõik bioloogilised makromolekulid: polüpeptiidid, polüsahhariidid, nukleiinhapped jt.
Antigeen on aine, mis stimuleerib antikehade teket; antigeeni, mis kutsub esile immuunvastuse, nimetatakse immunogeeniks.[1]
Antigeen on üldiselt potentsiaalselt organismi kahjustav kehavõõras aine, mille sissepääs organismi põhjustab spetsiifiliste, nende vastu suunatud antikehade tekke, samuti lümfotsüütide aktiivseks muutumise.
Antigeenidena võivad toimida ka maomürgis sisalduvad molekulid, kui need kutsuvad pärast maohammustust nii madudel endil (maolt maole) kui ka teistel hammustada saanud loomadel esile antikehade tekke.
Antigeenid võivad organismi tungida naha, limaskestade, hingamis- ja seedetrakti kaudu.