Baieri hertsog oli Baieri hertsogkonna valitseja tiitel varakeskajast 1255. aastani, mil hertsogkond jagati, ning uuesti alates hertsogkonna ühendamisest 1503. aastal kuni 1806. aastani.
Aastatel 1180–1918 olid Baieri valitsejad Wittelsbachid, kui hertsogid, hiljem kuurvürstid ja kuningad. 1180 aastal sai pfaltskrahv Otto VI Wittelsbachist Baieri hertsog Otto I, järgnevatel aastatel kasvas see märkimisväärselt ostude, abielude ja pärandite kaudu. Uusi omandatud maid ei antud enam lääniks, vaid hallati teenijate poolt. Otto pojale Ludwig I Wittelsbachile läänistati aastal 1214 Reini pfaltskrahvkond.
Kuna Wittelsbachi dünastias ei olnud esmasündinu pärimiseelistust, vastupidi paljudele selle aja valitsejatele, jagati aastal 1255 maa Ülem-Baieriks koos Pfalzi ja Nordgauga (pealinn Münchenis) ja Alam-Baieriks (residentsidega Landshutis ja Burghausenis). Ka tänapäeval on eraldusjoon Ülem- ja Alam-Baieri vahel (Regierungsbezirke).
Aastal 1253 jagati Baieri seoses Otto II surmaga tema poegade vahel. Heinrich XIII sai Alam-Baieri (1253–1290) ja Ludwig II Ülem-Baieri (1253–1294) hertsogiks. Kuni 16. sajandi alguseni jagati territooriume sageli vendade vahel, mis tegi hertsogite loendamise raskeks.
Pikemalt artiklis Baieri valitsejate loend#Esimene jagunemine, 1253–1340
Alam-Baieris järgnesid Heinrich XIII-le tema kolm poega Otto III, Ludwig III ja Stephan I, kes valitsesid ühiselt. Otto III järglane ühises hertsogkonnas oli tema poeg Heinrich XV. Stephani järglased olid tema pojad Otto IV ja Heinrich XIV (Alam-Baieri hertsog 1310–1339). Heinrich XIV poeg oli Johann I Laps, Alam-Baieri hertsog 1339–1340.
Ülem-Baieris järgnesid Ludwig II Rangele (1253–1294) tema pojad Rudolf Lobiseja (Baieri hertsog ja pfaltskrahv (1294–1317)) ja Ludwig IV (1294–). Viimane valiti aastal 1314 Saksamaa kuningaks.
Pärast Johann I surma aastal 1340 ühendas Ludwig IV Baieri hertsogkonna. Ülem-Baieri hertsogid olid ka Reini pfaltskrahvid. Aastal 1329 vabastas Ludwig IV Reini Pfalzi, sealhulgas Baieri Ülem-Pfalzi Rudolf I poegadele. Ülem-Pfalz taasühendati Baieriga aastal 1623, Alam-Pfalz aastal 1777.
Vaatamata uuele jagunemisele pärast lühikest taasühendamisaega saavutas Baieri uusi võimukõrgusi Baieri hertsogi ja Saksa-Rooma keisri Ludwig IV-ga, kellest sai aastal 1328 esimene Wittelsbachist Saksa-Rooma keiser. Ludwig suutis oma valitsusajal ühendada Baieri hertsogkonna, mis varem oli jagunenud laiali mitme Wittelsbachi suguvõsa haru vahel. Äsjaomandatud alad Brandenburgilt (1323), Tiroolilt (1342), Madalmaade provintsid Holland, Zeeland ja Friisimaa ning Hainaut (1345) kaotati siiski tema järglaste poolt.
Aastast 1349 aastani 1503 leidis aset Baieri teine jagunemine. Aastal 1349 jagasid Ludwig IV kuus poega Baieri taas Ülem- ja Alam-Baieriks. Aastal 1353 jagati Alam-Baieri Baieri-Landshutiks ja Baieri-Straubingiks. Ülem-Baieri jagati Baieri-Straubingi ja Baieri-Landshuti vahel aastal 1363. Pärast Stephan II surma aastal 1392 jagati Baieri-Landshut kolmeks hertsogkonnaks, Johann II sai Baieri-Müncheni, Friedrich sai väiksema Baieri-Landshuti ja Baieri-Ingolstadtis valitses Stephan III.
- Pikemalt artiklis Baieri valitsejate loend#Teine jagunemine, 1349–1503
Tirool langes 1369 Schärdingi lepinguga Habsburgidele; Brandenburgis järgnesid Luksemburgid 1373 ja Madalmaade krahvkonnad langesid Burgundiale aastal 1436. Pavia lepinguga aastast 1329 jagas keiser Ludwig omandi Pfalzi piirkonnas Reini Pfalzi ja hilisema niinimetatud Ülem-Pfalzi vahel. Seega kaotati ka Pfalzi kuurvürsti ametikoht.
14. ja 15. sajandil jagunesid Ülem- ja Alam-Baieri korduvalt. Pärast 1392. aasta jagamisi oli neli hertsogkonda: Alam-Baieri-Straubing, Alam-Baieri-Landshut, Baieri-Ingolstadt ja Baieri-München, mille hertsogid sageli üksteise vastu sõdisid. Baieri-Müncheni hertsog Albrecht IV ühendas Vana-Baieri taas 1506 pärast Landshuti laastamist 1504/05. Esmasünniõiguse aktiga lõpetas ta jagamised, Albrecht kuulutas, et hertsogkonda päritakse esmasünniõiguse reeglite kohaselt.
Aastal 1619 nõustus Pfalzi kuurvürst Friedrich V võtma Böömimaa seisustelt vastu Böömimaa trooni. Aastal 1620 ta alistati keiser Ferdinand II vägede poolt Valgemäe lahingus ning Hispaania ja Baieri väed okupeerisid varsti Pfalzi enda. Aastal 1623 pandi Friedrich riigivande alla.
Friedrich V territooriumid ja tema tiitel "Reini Pfalzi kuurvürst" (saksa: Kurfürst) anti üle Wittelsbachide kaugele sugulasele Baieri hertsogile Maximilian I-le. Kuigi tehniliselt Pfalzi kuurvürst, oli ta tuntud kui Baieri kuurvürst. Aastast 1648 valitses ta vaid Baieris ja Ülem-Pfalzis, kuid säilitas kõik oma kuurvürsti tiitlid ja vanemluse Pfalzi kuurvürstkonnas.
Pärast Baieri kuningriigi likvideerimist kannab Baieri hertsogi tiitlit Baieri kuningliku perekonna pea.