Domeen (bioloogia)

Domeen (Regio) on bioloogias praeguse seisuga kõrgeim taksonoomiline kategooria, üks eluslooduse suurjaotusi. Domeeni mõiste võttis 1990. aastal kasutusele molekulaarbioloog Carl Woese, kes jaotas eluslooduse kolmeks domeeniks: eukarüoodid, bakterid (ehk eubakterid) ja arhed. Enne seda jaotati elusloodus kaheks suureks rühmaks (prokarüoodid ja eukarüoodid).

Uurides prokarüootsete organismide rRNA 16s subühikuid, näitas Woese, et osa prokarüoote on teistest silmnähtavalt erinevad ning paljude tunnuste alusel fülogeneetiliselt isegi lähedasemad eukarüootidele. Nende andmete põhjal postuleeris ta, et eukarüoodid ja arhed pärinevad ühisest eellasest ja bakterid on fülogeneetiliselt varem lahknenud, mistõttu prokarüootide rühm pole monofüleetiline võrreldes eukarüootidega. Hilisemad uuringud kinnitasid seda arvamust (näiteks arhede ja eukarüootide rakumembraani biokeemiline koostis ja viburi ehitus on sarnasem kui bakteritel ja arhedel). Bakterite ja arhede vahelisi erinevusi on veel – DNA replikatsiooni- ja transkriptsioonimehhanismid arhedel ja bakteritel on erinevad, näiteks koosneb bakterite RNA-polümeraas vaid 4 subühikust, samal ajal kui arhedel koosneb RNA-polümeraas 16 subühikust, mis on tunduvalt sarnasem eukarüootidele. Lisaks esineb arhedel DNA pakkevalke – histoone, mida seni oli omaseks peetud vaid eukarüootidele. Sellest tulenevalt tehti ettepanek võtta kasutusele riigist kõrgem takson ning jaotada elusloodus kolmeks domeeniks. Selline klassifikatsioon võeti kiiresti omaks ja on praegu valdav.

Kolme domeeni kontseptsiooni on kritiseeritud viidates sellele, et arhede ja bakterite genoom on küllaltki sarnane ja muud biokeemilised erinevused on võib-olla ületähtsustatud.^[viide?] Viimasele väitele ei ole seni siiski piisavat kinnitust.

Kuigi viirustel pole eluslooduse jaotamise süsteemis (seni veel) kohta, on vahel välja pakutud võimalust lisada elu puule neljas haru, mis hõlmaks mõningaid viirusi. Sellisteks väideteks on andnud alust mõnede suurte ja keeruliste viiruste leidmine (nt 1992. aastal avastatud Mimivirus ja 2010. aastal tuvastatud Megavirus). Kirjanduses on viirusi käsitletud mõnikord rühmana "rakutud" (Acellularia).

Domeenist ühe astme võrra madalam taksonoomiline kategooria on riik.