Protozooloogia (ladina keeles protozoologia) on zooloogia ja protistoloogia haru, mis tegeleb ainuraksete (Protozoa) uurimisega.[1][2]
Teadusharu sai alguse arvatavasti 17. sajandil ja selle juurutajaks peetakse Antonie van Leeuwenhoek'i, kes vaatles ainurakseid mikroskoobiga.[3]