Desnitrifikazioa nitrogeno organikoaren (NO3-) erredukzioan datza, nitrogeno gasa (N2) sortzeko. Bakterio batzuek (Pseudomonas, Thiobacillus...) besterik ez dute desnitrifikazio biologikoa burutzen: arnasketa anaerobioa egiten dutenean nitratoa elektroien azken hartzaile gisa erabiltzen dute.
Desnitrifikazioa honako ekuazio honetan labur daiteke:
Tarteko produktuak hauek izanik:
Nitratoa arnasketa anaerobioan erabiltzerakoan nitritoak (NO2-) agertzen dira lehen. Nitritoak erreduzitzerakoan nitrogeno gasa sortzen da gero. Nitritoak oso toxikoak dira, eta haien pilaketa arriskutsua da; hori dela eta, desnitrifikazioa osatu behar da nitrito-pilaketa hori ekiditeko.
Desnitrifikazioa kaltegarria da nekazaritzan, lurzoruen nitratoak galtzen direlako. Hala ere, zenbait kasutan onuragarria izan daiteke; esaterako, ur-hondakinen tratamenduan, urak dituen nitratoak ezabatzeko (nitrato horiek eutrofizazioa eta algen hazkuntza eragiten baitute)
Desnitrifikazioak nitrogenoa lurretik atmosferara eramaten du. Alderantzizko bidea nitrogenoaren finkapenaren bidez gertatzen da.