Elektroforesia molekulak banantzeko teknika da, molekula horien mugikortasuna aztertuz eremu elektriko bat erabiltzerakoan. Elektroforesiaren oinarri elektrozinetikoa Reuss-ek aurkitu zuen estrainakoz 1807an, uretan zeuden buztin-partikulak eremu elektriko baten eraginez abiadura ezberdinekin mugitzen zirela ohartzerakoan.
Proteinak eta azido nukleikoak dira elektroforesiz gehien aztertzen diren molekulak. Azido nukleikoek karga negatiboa dutenez, polo negatibotik positibora mugitzen dira. Proteinak, aldiz, karga negatiboa duten substantziekin (SDS izeneko detergentearekin, esaterako) lotzen dira. Elektroforesia burutzeko, molekula horiek dituen lagina edo soluzioa euskarri solido batean jartzen da, gehienetan gel porotsu bat duena (geletan egindako elektroforesia). Euskarri horrek molekulen higidura moteltzen du eta, hala, molekula handiek txikiek baino denbora gehiago behar izaten dute polo batetik bestera mugitzeko.
Elektroforesiaren oinarria, beraz, hau da: banandu nahi diren molekulak beren tamainarekiko alderantziz proportzionala den abiaduran mugitzen dira gel porotsuaren gainean eremu elektrikoa ezartzerakoan: molekula txikienak gehiago mugituko dira, eta handienak gertuago geratuko dira abiapuntutik.
Elektroforesiaren emaitza ikusi ahal izateko molekulek nolabait markatuta egon behar dute. Horretarako koloratzaile egoki bat erabiltzen da: etidio bromuroa, azido nukleikoentzat, eta zilar-tindaketa edo tindaketa fluoreszentea proteinentzat.