Aliprefektuuri (ransk. sous-préfecture) on Ranskassa ja eräissä muissa maissa käytetty valtion aluehallinnon termi, jolla tarkoitetaan prefektuuria alemman hallintoyksikön hallintoa.
Ranskassa termi merkitsee käytännössä departementin alaisen arrondissementin hallintoinstituutiota. Laajemmassa merkityksessä sanalla viitataan usein myös rakennukseen, jossa arrondissementin hallinto toimii, sekä aliprefektuurin sijaintikaupunkiin eli arrondissementin pääkaupunkiin (ransk. chef-lieu de l'arrondissement).
Aliprefektuuria johtaa aliprefektiksi (ransk. sous-préfet) kutsuttu valtion virkamies apunaan pääsihteeri. Mikäli arrondissementin keskuspaikka on samalla myös departementin pääkaupunki, siellä ei ole erillistä aliprefektuuria eikä aliprefektiä, vaan departementin prefektuuri ja prefekti hoitavat myös kyseisen arrondissementin hallintoa. Tällöin aliprefektin tehtävistä vastaa prefektuurin pääsihteeri.