Apostoli Tuomaan koulukunnalla viitataan syyrialaisiin kristillisiin lahkoihin, jotka kunnioittivat apostoli Tuomasta Jeesuksen hengellisenä kaksosena ja salaisten opetusten haltijana, ja tuottivat muun muassa Tuomaan evankeliumin ja Tuomas Kilvoittelijan kirjan. Historioitsijat eivät ole yksimielisiä tällaisten lahkojen olemassaolosta, mutta joidenkin näkemysten mukaan kyseessä olisivat olleet gnostilaiset kristityt.
Gnostilaisia Tuomaan seuraajia ei tule sekoittaa Intian tuomaskristillisyyteen, joka koostuu useasta kirkkokunnasta, joista osa kuuluu katoliseen, osa orientaaliortodoksiseen ja osa Assyrian kirkkoon.
Nykyään Yhdysvalloissa ja Kanadassa vaikuttaa nykyajan gnostilaisuutta edustava Thomasine Church, joka oman ilmoituksensa mukaan jatkaa apostoli Tuomaan koulukunnan perinteitä ja lukee koulukunnan kirjoitukset kaanoniinsa.