Elektronimikroskooppi (EM) on mikroskooppi, jossa käytetään näkyvän valon sijasta elektronisuihkua. Tämä mahdollistaa tavallista valomikroskooppia huomattavasti pienempien yksityiskohtien havaitsemisen. Ensimmäisen elektronimikroskoopin rakensi saksalainen fyysikko Ernst Ruska vuonna 1932 toisen saksalaisen fyysikon Max Knollin kanssa. Ruskalle myönnettiin Nobelin fysiikanpalkinto vuonna 1986. Suomen ensimmäisen elektronimikroskoopin rakensi Alvar Wilska.
Elektronimikroskoopin erottelukyky on parhaimmillaan noin 2 nanometriä.[1] Sillä voidaan siis erottaa huomattavasti pienempiä rakenteita kuin valomikroskoopilla. Elektronimikroskoopilla voidaan erottaa solusta eri soluelimiä, kun taas valomikroskoopilla erotetaan lähinnä solukalvo, solulima ja tuma.