John Frederick Miller (1759–1796) oli englantilainen maalari. Hänen isänsä oli saksalainen taiteilija Johan Sebastian Müller (1715 – noin 1790). Miller oli yksi taiteilijoista, jotka maalasivat tauluiksi Sydney Parkinsonin tekemät piirrokset hänen matkaltaan James Cookin Tyynenmeren retkellä. Miller kuvitti etupäässä kasveja mutta myös eläimiä. 1772 hän matkusti tutkimusretkelle Islantiin Joseph Banksin (1743–1820) kanssa.
Miller julkaisi kuvateoksen Cimelia Physica. Figures of rare and curious quadrupeds, birds, &c. together with several of the most elegant plants (1796). Tekstin laati George Kearsley Shaw (1751–1813). 1776 ja 1782 hän julkaisi Lontoossa teoksen Various subjects of Natural History, wherein are delineated birds, animals and many curious plants.
Linnuista Miller nimesi ainakin sihteerin (Sagittarius serpentarius) ja kuningaspingviinin.