Joukkosukupuutto, joukkotuho tai sukupuuttoaalto tarkoittaa hyvin monien eliölajien tai -ryhmien samanaikaista sukupuuttoa. Maan geologisen historian aikana on useissa vaiheissa 50–90 % kerrostumista tunnetuista eliölajeista hävinnyt geologisessa mittakaavassa katsottuna lyhyessä ajassa.[1]
Joukkosukupuuttojen syinä pidetään muun muassa asteroiditörmäyksiä, jättimäisiä tulivuorenpurkauksia, suuria ilmastonmuutoksia,[2] tauteja sekä suuria geologisia muutoksia, jotka yhdistävät mantereita ja sekoittavat eri mantereiden eläimistöjä keskenään. Meren eläimistöä saattaa kuolla merenpinnan korkeuden muutosten takia.