Makassarinsalmi (indonesiaksi Selat Makassar) on salmi Borneon ja Sulawesin saarten välissä Indonesiassa. Pohjoisessa on Celebesinmeri, ja etelässä salmi kohtaa Jaavanmeren.[1] Salmessa on lukuisia saaria, ja se on 960 kilometriä pitkä ja 130−370 kilometriä leveä.[2]
Borneon Mahakamjoki laskee Makassarinsalmeen.[3]
Merkittäviä satamia Makassarinsalmella ovat Balikpapan Borneolla sekä Makassar ja Palu Sulawesilla.[1] Samarindan kaupunki sijaitsee Mahakamjoella 48 kilometrin päässä salmelta.