Puupolttoaine on polttoaineena käytettävää biomassaa eli biopolttoainetta, joka on peräisin puun rungosta, oksista tai juurista. Se on tavallisesti kiinteää, mutta voidaan myös kaasuttaa puukaasuksi. Puuhun sitoutunut energia hyödynnetään polttamalla. Puuta käytetään yleisesti lämmitykseen mutta myös lämpövoimalaitoksissa, joista saadaan myös sähköä. Voimalaitoksissa puupolttoaine poltetaan tyypillisesti seospolttona esimerkiksi turpeen kanssa.
Puu on niin kutsuttu uusiutuva energianlähde. Sen käytön polttoaineena ei katsota lisäävän hiilidioksidipäästöjä, koska puuhun sitoutuneen ja sitoutuvan hiilen katsotaan olevan luonnonkierrossa toisin kuin fossiilisten polttoaineiden kohdalla. Mikäli poltettujen puiden tilalle kasvaa jossain samaan aikaan vastaava määrä uutta puuta ei synny nettopäästöjä. Lisäksi hiilidioksidia vapautuisi puun lahotessakin. Poltossa syntyvä tuhka ja sen ravinteet voidaan hyödyntää lannoitteena.
Polton typpipäästöt riippuvat palotapahtuman hallinnasta. Puun polton negatiivisiin vaikutuksiin kuuluu pienhiukkaset, jotka aiheuttavat sydän- ja verisuonitauteja sekä aiheuttavat hengitysvaikeuksia astmaatikoille. Pienhiukkasten arvioidaan aiheuttavan Suomessa noin 1 500 ennenaikaista kuolemaa.[1] Suhteessa tehoon erityisen ongelmallista on puun pienpoltto, jossa palotapahtuman hallinta ja savukaasujen puhdistus on olematonta verrattuna suurempiin laitoksiin.[2] Puun pienpoltto tuottaa jopa 43 % pienhiukkasista Suomessa, eli enemmän kuin liikenne.[1][2]
Puupolttoaineen kuljettaminen kauaksi ei useinkaan ole taloudellisesti kannattavaa. Puupolttoaineissa on usein runsaasti vettä, joten ne on kuivattava ulkoilmassa tai koneellisesti. Polttopuuta säilötään usein vuosiakin ennen polttamista. Kuivan puun lämpöarvo on noin 19 MJ/kg; vertailuna kuivan turpeen noin 20 MJ/kg ja kevyen polttoöljyn 42,7 MJ/kg.