Taksonomia on tieteenala, joka tutkii eliöiden luokittelua ja luokittelee niitä taksoneihin.[1] Sen synonyyminä esitetään yleensä nimitys tieteellinen luokittelu. Erään kuvauksen mukaan systematiikka tutkii biologisen luokittelun teoriaa ja menetelmiä ja taksonomia käytännön luokittelua.[2]
Taksonomia voi tarkoittaa myös jonkin muun alan luokittelujärjestelmää, jolloin termillä tarkoitetaan erilaisten asioiden hierarkkista luokittelua, luokittelujärjestelmää tai luokittelun periaatteita (esimerkiksi antropologiassa).[3] Melkein mitä tahansa, kuten elollisia ja elottomia objekteja, paikkoja tai tapahtumia voidaan luokitella jonkinlaisen taksonomisen järjestelmän mukaan.
Taksonomia poikkeaa ontologiasta siinä, että ontologia tutkii, mitä kaikkea on, kun taas taksonomia pyrkii luokittelemaan kaiken tunnetun olemassa olevan täydellisen kattavaan luokitukseen – taksonomiaan.