En théorie de la musique, le comma syntonique (appelé aussi comma majeur, comma naturel, comma de Didymus[1] ou comma zarlinien) est l'intervalle entre deux notes de rapport de fréquences 81⁄80, soit environ 21,51 cents. Par exemple, il y a un comma syntonique entre le la 440Hz et une note à Hz. C'est la différence entre une tierce pythagoricienne (de rapport 81⁄64) de la gamme pythagoricienne et une tierce pure (de rapport 5⁄4).
Le comma syntonique est important dans les tempéraments mésotoniques, qui sont des compromis de l'accord pythagoricien afin d'améliorer la justesse des tierces.