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La contamination (du latin contaminatio « souillure »), appelée aussi bio-contamination, est le terme utilisé dans le domaine de la toxicologie ou de l'écotoxicologie pour désigner l'envahissement d'un organisme vivant, d'un écosystème ou d'un compartiment de l'écosystème (ex. : sol, sédiment) par des micro-organismes pathogènes. Par extension, cette contamination comprend la pénétration de substances toxiques ou indésirables.
Dans le domaine alimentaire, il s'agit de l'introduction ou présence d'un contaminant dans un aliment ou dans un environnement alimentaire.
Contaminer, c'est donc, selon le cas :
introduire des matières étrangères, y compris les salissures, une substance toxique ou un parasite ;
introduire ou causer la multiplication des microorganismes ou des parasites causant des maladies ;
introduire ou de produire des toxines ;
introduire des dangers d’ordre physique, biologique ou chimique.