L’histoire du Japon commence avec l'installation de groupes d'homo sapiens il y a au moins 38 000 ans, qui laissèrent les premières traces d'industrie, des pierres polies, dans l'archipel japonais. Des poteries, parmi les plus anciennes de l'humanité, sont produites vers 13 000 ans avant notre ère lors de la période Jōmon, et comprennent les premières formes d'œuvres artistiques : les dogū. 400 ans avant notre ère, au cours de la période Yayoi, sont introduites des technologies venant de Chine et de Corée comme la riziculture et la fonte du bronze et du fer.
La période Yamato, qui s'étend de 250 à 710, voit l'émergence de la première forme d'État structuré. Lors de sa première partie, de grands tertres funéraires, ou kofun, sont bâtis, et, progressivement, la région du Kansai s'impose en tant que centre politique. Au VIe siècle, le bouddhisme, arrivé au Japon via la Chine et la Corée, bouleverse profondément la vie politique du pays ; une constitution en 17 articles d'inspiration bouddhique est rédigée en 604 pour encadrer le fonctionnement de l'État. De nombreux immigrés originaires des royaumes coréens façonnent la vie politique et les arts de l'archipel japonais.
Du VIIIe siècle au XIIe siècle, une culture classique portée par une cour impériale se développe. Très influencée par des modèles continentaux dont elle s'émancipe dès le Xe siècle, elle est à l'origine d'œuvres comme le Tōdai-ji ou Le Dit du Genji. C'est aussi à cette époque que la scène politique se divise entre le pouvoir impérial, et celui de chefs de clans. Les clans Fujiwara, Taira, et Minamoto vont tour à tour accaparer la plupart des rouages de l'administration. Des famines sévissent régulièrement dans le pays, et l'insécurité qui s'installe entraîne la création d'une classe sociale de combattants, ou bushi.
Le Moyen Âge japonais s'étend du XIIe siècle à la fin du XVIe siècle. Après la guerre de Genpei, qui s'achève en 1185, le pays est dirigé pour la première fois par un gouvernement extérieur à la cour impériale : le bakufu, basé dans la région du Kantō. Ce gouvernement guerrier, dirigé par le clan Hōjō marque l’époque de Kamakura (鎌倉時代, Kamakura jidai , 1185–1333), l'une des 14 subdivisions traditionnelles de l'histoire du Japon. Cette période, qui commence en 1185 et s'achève en 1333, est placée sous l'autorité politique du shogunat de Kamakura et constitue la première partie du « Moyen Âge » de l'histoire japonaise. Le gouvernement guerrier en place est ensuite dirigé par les Ashikaga, qui structurent le pays à partir de 1336. L'époque Sengoku, ou époque des provinces en guerre, clôt ce Moyen Âge, marqué par de grandes turbulences sociales et politiques et un morcellement du pays en plusieurs provinces et potentats. La réunification politique du pays est cependant réalisée sous l'impulsion successive des chefs militaires Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, puis Tokugawa Ieyasu.
Le shogunat Tokugawa, qui s'ouvre en 1603 et se termine en 1868, correspond à l'époque d'Edo. Promouvant d'abord une politique commerciale active à l'étranger, il met en place une politique d'isolement par l'édit Sakoku de 1635. Le pays connaît une phase d'essor démographique et économique allant de la fin du XVIe siècle au début du XVIIIe siècle. Le néo-confucianisme importé de Chine sous-tend l'organisation de la société, et une division sociale en plusieurs classes s'instaure. Dans la culture, des formes artistiques comme le kabuki ou le haïku voient le jour, alors que dans le domaine scientifique, les études hollandaises ou Rangaku continuent de diffuser dans l'archipel les sciences et techniques occidentales.
En 1868, le retour du pouvoir impérial au centre du système politique constitue l'acte de naissance de l'empire du Japon. En compétition avec le colonialisme occidental sur le continent asiatique, le pays se lance dans une politique d'expansion territoriale, qui aboutit à l'annexion de la Corée en 1910, l'invasion de la Mandchourie en 1931, puis l'occupation d'une partie de la Chine à partir de 1937. Au début des années 1940, le pays s'engage dans une guerre contre une coalition internationale. Le conflit prend fin après les bombardements atomiques d'Hiroshima et Nagasaki d' ; l'empire du Japon est contraint à la capitulation. De 1945 à 1952, l'occupant américain impose la démocratisation du pays.
Après la fin de l'occupation, le Japon devient l'une des principales puissances économiques mondiales. Malgré l'opposition récurrente de ses proches voisins, son essor économique lui permet de diffuser dans le monde entier ses productions culturelles, substituant un soft power important à sa domination militaire passée.