L'islamisme existe dans le chiisme duodécimain (ou Imamite) de type Jafarite et dans le Zaydisme - parfois appelé islamisme chiite (persan : تشیع اخوانی ), bien que la plupart des études et des reportages sur l'islamisme ou l'islam politique se soient concentrés sur les mouvements islamistes sunnites. Le chiisme islamiste est principalement mais pas exclusivement, identifié, avec la première révolution islamique[1], avec la pensée de l'ayatollah Ruhollah Khomeiny, qui a dirigé la révolution, avec la république islamique d'Iran qu'il a fondée, et les activités et ressources politico-religieuses de cette république.
Toutefois l'islamisme chiite n'existe quasiment pas dans l'Islam chiite duodécimain de type alaouite en Syrie, les alaouites étant profondément laïcs et forment un groupe ethnoreligieux fermé, bien que le régime laïc de la Famille el-Assad de confession alaouite en Syrie soit alliée aux islamistes chiites. La seule existence attestée d'un groupe islamiste d'alaouites est le groupe des Lions de Hussein, qui se réduit à la défense des alaouites.
Les musulmans chiites duodécimains forment la majorité de la population dans les pays d'Iran, d'Irak, de Bahreïn, d'Azerbaïdjan[2] et d'importantes minorités en Afghanistan, en Inde, au Koweït, au Liban, au Pakistan, au Qatar, en Syrie, en Arabie saoudite et aux Émirats arabes unis.
Certaines différences entre l'islam chiite traditionnel et celui développé par Khomeiny incluent la question de savoir si l'acceptation du gouvernement actuel tout en s'efforçant de le changer si possible vaut mieux que le désordre parce que "le mauvais ordre valait mieux que pas d'ordre du tout" ou il est nécessaire d'avoir un dirigeant juriste islamique et un devoir sacré de s'opposer à tout autre genre (croyance de Khomeiny) ; si le martyre était "un acte saint" d'acceptation de la volonté de Dieu (croyance traditionnelle); ou "un sacrifice révolutionnaire pour renverser un ordre politique despotique" (croyance de Khomeiny)[3].