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La manipulation d'un objet consiste à le prendre en main (sens premier du terme connu dès le XIVe siècle : poignée de blé, poignée de fleurs... pour l'examiner, le découvrir, le faire fonctionner, le porter ou le déplacer.
L'usage médical de manipulation dérive de ce premier sens. Dans le domaine des sciences, une manipulation est l'exécution d'une procédure (primitivement manuelle) sur des substances ou des objets, dans une recherche scientifique fondée sur la méthode expérimentale.
Particulièrement, la manipulation est un exercice de prestidigitation qui repose sur l'adresse manuelle et la dextérité du mouvement, et qui permet par exemple de donner l'illusion aux spectateurs de faire disparaître et réapparaître divers objets.
Ce second sens donne les définitions métaphoriques rencontrées en sciences humaines et sociales.